Çanakkale’de Müzecilik faaliyetleri Atatürk’ün zamanında başlamıştır. 1936’da Zafer Meydanında tarihi mermer ve taş eserler toplanması ile başlanılmış, 1965 yılında ise yine aynı meydan da bulunan kilisenin ek binasında Müze Müdürlüğü kurulmuştur. 19. yy. sonlarında Çanakkale’nin birçok antik kentinde kazı yaparak bulduğu eserlerin çoğunu yurt dışına çıkaran, çok az bir bölümü Türkiye’de kalan Frank CALVERT’in koleksiyonunun bir bölümünün Çanakkale Müzesine devir edilmesi, Ayrıca Troia’da 1932-1938 yılları arasında üçüncü dönem kazılarını yapan Carl BLEGEN’in Troia eserlerinden bir kısmının Çanakkale’ye getirilmesiyle Müzenin koleksiyonu oluşmaya başlar.
1959 yılında Dardanos Tümülüs’ünde ortaya çıkarılan zengin buluntular Çanakkale tarihinin Troia’dan sonra en önemli keşiflerinden biri olur. Dardanos Tümülüs’ünde ve Bozcaada’ da, Tenedos antik kentinin nekropolünde ortaya çıkan önemli buluntular sonucu bu günkü müze binası planlanmıştır. Yeni müze 1984 yılında yapımı tamamlanarak hizmete açılır. Zafer Meydanındaki Müzenin eserleri de yeni müzeye taşınır.
Çanakkale Müzesinde; Çanakkale de bulunan antik kentlerden ve çevresinden gelen eserler kronolojik sıra gözetilerek sergilenmektedir. Müzede 12.747 arkeolojik eser, 15.237 sikke ve 2.714 adet etnoğrafik eser koruma altındadır.
Troia Salonu: 1870 yılında H. SCHLİEMANN’la başlayan, 1893 yılında W. DÖRPFELD ve 1932 yılında C. BLEGEN, 1987 M. KORFMANN başkanlıklarında yapılan Troia kazılarında ortaya çıkan eserler Kronolojik sıra ile teşhir edilmektedir. Ülkemizdeki ilk höyük kazılarından olan Troia, Arkeolojide Erken Tunç Çağı ile Demir Çağı (3000-1250) arasındaki seramiklerin tarihlenmesinde mihenk taşı oluşturması nedeni ile oldukça önemlidir. Bu seramikler Erken Tunç Çağı ile Geç Tunç Çağı arasındaki seramik teknolojisinin gelişimini göstermektedir. Sergilenmekte olan bu eserler binlerce yayında yer almış ve uluslararası sergilerde teşhir edilmiş, arkeoloji dünyasınca tanınan özgün eser guruplarından oluşur.
Assos Salonu: Assos antik kenti kazılarında 1980 yılından bu yana çıkan buluntular sergilenmektedir. Bu bölümde lekytos’lar, kaseler ve tanrıça figürinlerinin yanı sıra bir çocuk mezarından çıkan pişmiş topraktan yapılmış, kolları ve bacakları ekleme kukla, oyuncaklar konusunda aydınlatıcı bilgi vermektedir.
Dardanos Tümülüsü Salonu: Çanakkale Merkez, Çınarlı Köyü sınırları içinde, 1959 yılında tespit edilen Dardanos Tümülüsü, antik çağda bölgeye ismini veren Kral Dardanos’un kenti olan Dardanos antik kentinin kurucularının aile mezarı olması nedeni ile önemlidir. Mezar odası içinde elde edilen 300’den fazla arkeolojik obje salonda sergilenmektedir. Bunlar arasında altın takılar. Taş ve pişmiş toprak kaplar, pişmiş toprak heykeller ve yazıtlı bronz kaplar bulunmaktadır.
Afrodit Heykelciği: Dardanos Tümülüsünün en önemli buluntusudur. M.Ö. 4.yy. heykeltraşlarından olan Praksitele’sin ‘’Knidoslu Afrodit’’ adlı eserinin M.Ö. 1. yy da yapılmış olan en erken kopyasıdır. Hamamda güzellik tanrıçasını anlatan heykel, sağlığı ve güzelliği sembolize eder. Ayrıca heykeltraş tanrıçayı çıplak betimleyerek, sanattaki özgürlüğü vurgulama cesaretini göstermiştir.
Polyksena Lahti: 1994 yılında Biga İlçesi Gümüş Çay Beldesi, Kızöldün Tepesi tümülüsü kazısında ortaya çıkartılmıştır. Lahit Marmara Adası mermerinden yapılmıştır. Kiremit üçgen çatısı ile bir konut tarzında tasarlanan lahidin üzerindeki işlemeler, Kral Priamos’un kızı Polyksena’nın Akhileus’un mezarı üzerinde kurban edilmesini anlatır. Lahit özelliğinden ve kazı sırasında elde edilen buluntulardan dolayı M.Ö. 6.yy. sonlarına tarihlenmektedir
Hadrian Heykeli: Anadolu M.Ö. 133 den sonra Roma’ya bağlanması ile Roma’nın bir eyaleti durumuna gelir. M.S 117-138 yıllarında Roma imparatoru olan Hadrian’da Troai’da imar faaliyetlerinde ve yardımlarda bulunur. Bu yardımların anısına Troia’ya dikilen heykelidir. Zırhlı olarak betimlenmiştir.